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不同的系统发育重建算法以不同的方式编码空位，但是不同的编码方式对系统发育分析结果的影响并不清楚。
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但是，所有的空位编码方法都有其优点和缺点，需要提出新的空位编码方法才能使空位信息在系统发育分析中得以充分地应用。
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介绍了一种新的空位编码方式&简单indel编码，并将它与将空位编码成丢失的数据和编码成第5性状作了比较。
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虽然空位罚分显著地影响多序列比对，但是并不清楚当空位以不同的方法编码和使用不同的重建算法时系统发育分析结果是否存在差异。
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